Прежде чем начать обмен электронными документами, рекомендуем в учетную политику организации, которая будет составляться на следующий год, внести положение о том, что первичные учетные документы могут составляться как на бумажном носителе, так и в виде электронного документа, подписанного электронной подписью.

Вариант формулировки в учетную политику относительно ЭДО:
"Общество может выставлять покупателям и принимать от поставщиков первичные документы и счета-фактуры в электронном виде в соответствии с законодательством РФ".

Также рекомендуем прописать, какую подпись будет использовать организация при обмене электронными документами. Напомним, что только документы, подписанные квалифицированной электронной подписью, имеют такую же юридическую силу, как и бумажные документы, собственноручно подписанные сторонами. Подробнее см. Юридическая сила документов, подписанных электронной подписью.

При использовании квалифицированной электронной подписи заключать соглашение об обмене электронными документами с контрагентом необязательно. Однако заключение такого соглашения не противоречит действующему законодательству. Если используются иные виды подписей, наличие соглашения обязательно.

Обмениваться с контрагентами практически любыми юридически значимыми документами можно напрямую, а можно через оператора электронного документооборота.
Исключения составляют электронные счета-фактуры. Обмен ими возможен только через оператора электронного документооборота в силу требований приказа Минфина России от 10.11.2015 № 174н, вступившего в силу с 01.04.2016. До 01.04.2016 аналогичные требования содержал приказ Минфина России от 25.04.2011 № 50н.

О том, какие настройки для осуществления обмена электронными документами необходимо выполнить в программе "1С:Бухгалтерия 8", читайте здесь.